Ильшат Гафуров родился в 1961 году в Бавлах, небольшом поселке на окраине Татарской АССР. Гафуров рос в обеспеченной семье: его отец, Рафкат Гафуров, был заместителем гендиректора одной из крупнейших в России нефтедобывающих компаний «Татнефть». Как рассказывал Гафуров-старший, в то время возможностей у него «было чуть больше, чем у других».

Рассказывал он и о своих детях — Ильшате и Ленаре: «Детей своих не баловал. Считаю, что дети должны сами пробивать себе дорогу. Своим умом, кто как сумеет. <...> Оба моих сына, и Ильшат, и Ленар учились хорошо, были дисциплинированными. Ильшату больше нравилась математика и физика. Когда [он] поступал в [Казанский государственный] университет, то опасался, что русский язык не сдаст, для татарина это тяжело было в то время. Но математику и физику сдал на „отлично" и прошел по баллам».

Когда в 2010 году глава правительства Владимир Путин назначил Гафурова ректором Казанского федерального университета, созданного на базе КГУ, татарстанские СМИ писали, что это чуждый академической среде человек. Однако это не так — у Гафурова уже был опыт работы в высшем образовании. После окончания факультета физики КГУ в 1983 году, Гафуров на протяжении двух лет работал ассистентом кафедры общей физики в Елабужском государственном педагогическом институте. Затем он перешел в КГУ и до 1988 года был аспирантом кафедры молекулярной физики, однако потом вернулся в ЕГПИ и стал сначала ассистентом, а затем старшим преподавателем кафедры общей физики. В 1989 году Гафуров получил степень кандидата физико-математических наук.

Через некоторое время после распада Советского Союза академическая карьера Ильшата Гафурова приостановилась.

В 1992 году Ильшат Гафуров возглавил камский ◻️ филиал страховой компании «Зилант». Как позже писала «Новая газета», Гафуров-старший помогал сыну знакомиться с людьми, которые отвечали за заключение страховых договоров. Так филиал начал быстро развиваться — у него появился офис в центре Набережных Челнов и корпоративная база отдыха.

Именно на этой базе отдыха встречались «для решения вопросов» члены «29 комплекса» — одной из самых крупных ОПГ в России 90–00-х годов. В Набережных Челнах группировка контролировала рынок интимных услуг, наркоторговцев, продажу автозапчастей, обмен валюты, автомобильные парковки, ночные клубы и все виды рыночной торговли, действовали филиалы в Москве и Одессе. «Двадцатьдевятники» внедрились и в систему сбыта автозавода «КАМАЗ».

Сам Гафуров в интервью «Российской газете» к своему 60-летию очень коротко ответил на вопрос о том, что он делал после работы в университете: «Занимался бизнесом», — не вдаваясь в подробности о том, каким именно. Позже, когда Гафуров станет ректором КФУ, зилант появится на логотипе вуза.

В 1995 году 34-летний Гафуров оставил бизнес и пошел в политику: его избрали депутатом Госсовета РТ первого созыва и одновременно депутатом Елабужского городского совета. В 1997 году «Зилант» обанкротился, и уже через год Гафуров стал главой города Елабуга.

По его словам, когда он занял должность главы города, Елабуга находилась «в критической экономической ситуации»: это была большая территория с множеством недостроенных объектов. В советское время в городе хотели построить тракторный и автомобильный заводы, но их так и не достроили. Гафуров вспоминал, что именно ему приходилось начинать все с нуля, приводить в порядок — и тогда под его руководством появилась первая социально-экономическая программа района. Гафуров поддерживал малый и средний бизнес, предприятия легкой и пищевой промышленности, разрабатывал и реализовывал генеральный план застройки города. По его инициативе в Елабуге открыли мемориальный комплекс Марины Цветаевой и модернизировали краеведческий комплекс города.

За успехи в должности главы Елабуги Гафуров получил премию IV Всероссийского конкурса «Лучший муниципальный служащий — 2004» в номинации «Градостроительство, архитектура и землепользование». Главой администрации Гафуров был до 2006 года, а после — стал главой Елабужского района.

В 60 лет Гафуров вспоминал о назначении: «И в мыслях не было, что стану главой администрации <...> Президент Татарстана Минтимер Шарипович [Шаймиев] предложил назначить меня главой администрации города. Я с интересом взялся за эту работу. Пригодился опыт бизнесмена. Использовал те же технологии, которые необходимы при управлении большой компанией».

В конце девяностых, когда он уже стал главой Елабуги, Гафуров пытался отрешиться от связей с криминальными авторитетами. В 2008 году вышла книга «Зазеркалье», которую написал отставной подполковник ФСБ Юрий Удовенко — он занимался уголовным делом в отношении участников ОПГ «29-й комплекс». В книге дословно воспроизведен протокол допроса Игоря Романова, который проходил по делу в качестве свидетеля. На один из вопросов он отвечает:

Показания могли касаться участия Гафурова в организации убийства елабужского депутата и бизнесмена Айдара Исрафилова, который тогда владел крупнейшим в Елабуге рынком.

Спустя 13 лет после публикации книги издание «Бизнес Онлайн» написало, что Адыган Саляхов этапирован из Москвы в Казань, чтобы дать показания о причастности одного влиятельного в РТ человека к заказному убийству, в обмен на УДО.

В 2010 году глава правительства Владимир Путин назначил Гафурова на должность ректора КФУ. Многие преподаватели раскритиковали это решение. Например, профессор университета Миркасым Усманов заявил: «Сегодня нет нормальных выборов. Даже президента у нас выбирает один человек. Поэтому назначение человека, который не работал в последние годы в вузе, имеет много примеров в нашей жизни».

Похожим образом высказался и директор института истории Академии наук Республики Татарстан Рафаэль Хакимов: «Противники назначения Гафурова были, но не в федеральном центре, а в университетской среде. В университете не приемлют людей со стороны. Здесь принято назначать из своих. Это университетская традиция».

Назначение совпало с реорганизацией университета. В 2009 году президент Дмитрий Медведев подписал указ о создании федеральных университетов в федеральных округах, и в апреле 2010-го КГУ был переименован в Казанский федеральный университет.

Под руководством Гафурова университет начал поглощение других вузов Татарстана — в него, в частности, вошли Татарский государственный гуманитарно-педагогический университет, Елабужский государственный педагогический институт и Казанский государственный финансово-экономический институт.

Слияния многие восприняли болезненно. Как писали «Татпресса» и 116.ру, преподаватели и студенты выходили на пикеты против объединения институтов русской и татарской филологии. Русские филологи были возмущены тем, что им придется заканчивать институт, в названии которого есть слово «татарский».

Как рассказывал в интервью «Ветру» доктор социологических наук Искандер Ясавеев, публично критиковавший ректора, с приходом Гафурова в университете многое изменилось в худшую сторону. По его словам, в вузе «отчетливо возросла бюрократизация» и стали разрастаться управленческие структуры: появилось множество отделов и управлений, которые спускали на преподавателей «вал бумаг». Времени на работу со студентами и исследования у преподавателей с каждым годом становилось все меньше.

В 2015 году Искандера Ясавеева вынудили уйти из вуза, столкнув в конкурсе на место с его коллегой. «У нас с моей коллегой одновременно заканчивались контракты, но вместо двух позиций доцента, я увидел в конкурсе только одну. <...> Причем, это единственная ставка, которая была сокращена. Нас свели в конкурсе с моей коллегой — двух доцентов, двух докторов наук. Она ведет свои авторские курсы, и я веду свои авторские курсы — то есть, мы не конкуренты друг другу. Было ясно, что раз одна позиция, а претендентов двое, кто-то из нас окажется за пределами Казанского университета. Я написал, что если условия конкурса не будут изменены, я сниму свое заявление. Коллега, узнав об этом, сделала то же самое. Конкурс не состоялся, контракт кончился, и я перестал быть преподавателем КФУ», — рассказывал Ясавеев. Через две недели после этого его взяли исследователем в ВШЭ.

В 2012 году Ильшат Гафуров вновь становится депутатом Госсовета РТ и входит в комитет по культуре, науке, образованию и национальным вопросам. В этом же году Владимир Путин выбирает его своим доверенным лицом на президентских выборах. Затем, в 2014 году, Гафуров вступает в партию «Единая Россия»: он проходит в V созыв Госсовета РТ, а в сентябре 2019 года — в VI. В 2019 году ректор КФУ назначен сопредседателем Общероссийского Народного Фронта в РТ.

С 2010 года Гафуров возглавляет Совет ректоров республики — именно под его председательством в Татарстане проводились заседания всех руководителей вузов Татарстана. Через Совет Гафуров активно влиял на высшее образование и молодежную политику в РТ. В сентябре 2021 года главная общественно-политическая газета Татарстана «Бизнес Онлайн» называла Гафурова самым влиятельным человеком в сфере образования РТ.

21 декабря 2021 года почти сразу после конкурса «Студент года КФУ — 2021», Ильшат Гафуров был задержан по подозрению в организации убийства депутата Елабужского городского совета Айдара Исрафилова, которого называли хозяином крупнейшего рынка в Елабуге. Исрафилова убили в 1999 году в Москве. Опасаясь покушения, он переехал туда незадолго до смерти.

У Гафурова был конфликт с Исрафиловым из-за отчислений прибыли с рынка в городской бюджет. Против бизнесмена тогда завели дело о вымогательстве. Он, в свою очередь, выступил на местном телевидении и заявил, что власти города готовят на него покушение. После убийства версию конфликта с властями следствие проверять не стало, решив, что поводом был конфликт Исрафилова с «29-м комплексом».

Утром 22 декабря 2021 года о задержании стало известно СМИ. По данным «Реального времени», после задержания Гафурова сначала допрашивали в одном из зданий Следственного комитета в Казани, а после увезли в Москву. Вечером Басманный суд Москвы назначил Ильшату Гафурову арест до 21 февраля в качестве меры пресечения.

Гафурову вменяют убийство по найму организованной группой по предварительному сговору. Ему грозит вплоть до пожизненного лишения свободы. 23 декабря он был временно отстранен от должности.