В 2010 году глава правительства Владимир Путин назначил Гафурова на должность ректора КФУ. Многие преподаватели раскритиковали это решение. Например, профессор университета Миркасым Усманов
заявил: «Сегодня нет нормальных выборов. Даже президента у нас выбирает один человек. Поэтому назначение человека, который не работал в последние годы в вузе, имеет много примеров в нашей жизни».
Похожим образом высказался и директор института истории Академии наук Республики Татарстан Рафаэль Хакимов: «Противники назначения Гафурова были, но не в федеральном центре, а в университетской среде. В университете не приемлют людей со стороны. Здесь принято назначать из своих. Это университетская традиция».
Назначение совпало с реорганизацией университета. В 2009 году президент Дмитрий Медведев подписал указ о создании федеральных университетов в федеральных округах, и в апреле 2010-го КГУ был переименован в Казанский федеральный университет.
Под руководством Гафурова университет начал поглощение других вузов Татарстана — в него, в частности, вошли Татарский государственный гуманитарно-педагогический университет, Елабужский государственный педагогический институт и Казанский государственный финансово-экономический институт.
Слияния многие восприняли болезненно. Как писали
«Татпресса» и
116.ру, преподаватели и студенты выходили на пикеты против объединения институтов русской и татарской филологии. Русские филологи были возмущены тем, что им придется заканчивать институт, в названии которого есть слово «татарский».